Dos niños que fueron intercambiados al nacer crecen y se comprometen el uno con el otro. Es un arreglo que a ninguno de ellos les gusta, al principio.

Despiertos en un mundo donde la humanidad ha sido petrificada, el genio científico Senku y su musculoso amigo Taiju utilizan sus habilidades para reconstruir la civilización.

15 años despues de una catástrofe que destruyó por completo la civilización moderna. Un grupo de niños vive en unas instalaciones aisladas del mundo exterior. Todo cambia cuando Tokio, recibe un mensaje que dice: "¿Quieres salir fuera?".