Motoko y Batou trabajan para tratar de detener una organización terrorista cuyo símbolo es Scylla. Mientras tanto, Togusa investiga el asesinato de un hombre que poseía una prótesis de pierna fabricada por la corporación Mermaid's Leg.

En esta precuela ambientada un año después de la Cuarta Guerra Mundial, la extraordinaria cyborg y hacker Motoko Kusanagi de la Unidad Secreta 501 del ejército se ve envuelta en la investigación de un bombardeo devastador.

Witness the formation of the legendary Public Security Section 9. When a clandestine organization hacks every car in the city, Kusanagi recruits a lethal team of cyber operatives to clamp down on the chaos and make the city safe again.