En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.

Antes de convertirse en protector, Kenshin era un temido asesino conocido como Battosai. Pero, al conocer a la gentil Tomoe Yukishiro, su historia empieza a cambiar.

Kenshin entrena con su maestro para aprender las últimas técnicas que necesita para evitar que Shishio dé un golpe de estado y hunda en el caos al Japón.

Kenshin Himura, el exguerrero, acepta a regañadientes hacerse cargo de acabar con un plan para derrocar a los Meiji, con ayuda de asesinos a sueldo.

En 1868, después de la guerra de Bakumatsu, el exasesino Kenshin Himura promete defender a los necesitados sin matar y recorre Japón con una espada con filo invertido.